داستان بازی Tom Clancy’s Splinter Cell: Double Agent از جایی شروع میشود که سم فیشر به همراه یک تازهکار برای انجام مأموریتی به ایسلند فرستاده میشود. همکارش در واقعهای غم ناک کشته میشود و خودش نیز به زندان میافتد. در این حین به سم خبرمی سد که تنها فرزندش به نام سارا در یک واقعه رانندگی کشتهشده است و برای همین دنیا برای این مأمور مخوف تیرهوتار میشود و تفاوت شخصیت فوقالعاده زیادی را در او مشاهده میکنیم. میبینیم که او زود از کوره در میرود و همچنین بیانگیزه و عصبانی است. دیگر عاشق کار برای وطنش نیست و باشخصیتی کاملاً افسرده روبهرو هستیم. او در این بازی ترسناکتر از همیشه شده است و برای همین سازمان امنیت ملی تصمیم میگیرد او را وارد یک گروه تروریستی کند تا از کار آنها سر درآورند. او حالا برعکس شخصیت وطن پرستش به یک تروریست دپرس و ناراحت تبدیلشده است. اندکی پس از وقایع نظریه آشوب ، سام فیشر باید با گم شدن اخیر دخترش در اثر تصادف رانندگی مستی مقابله کند. اما او فرصت کمی برای عزاداری دارد ، او به زودی مجبور است به یک تکلیف مخفی بپردازد که او را مجبور می کند تا به عنوان یک جنایتکار برای نفوذ به یک گروه تروریستی مستقر در ایالات متحده ، عمل کند. این مأموریت جدید فیشر را به منطقه ای خاکستری جدید و بسیار خطرناک میفرستد ، جایی که خط درست و غلط حتی فراتر از آنچه قبلاً فیشر استفاده می شود تار شده است ، و هزاران جان بی گناه در حال تعادل هستند.