بازی Prince of Persia Warrior Within از آنجا آغاز میشود که کشتی شاهزاده در نزدیکیهای جزیرهی زمان مورد حملهی کشتی دیگری به سرکردگی زنی سیاهپوش قرار میگیرد و پس از اینکه زن، شاهزاده را در دوئلی شکست میدهد، او را با لگدی از کشتی به بیرون پرتاب میکند و شاهزاده تنها و کشتیشکسته خود را به سواحل جزیره میرساند و ماموریت خود را، نه آنطور که مدنظر داشت، از سر میگیرد. مبارز درون پیچیدهترین داستان را میان بازیهای سهگانه دارد و بیشترین استفاده را از عنصر جابجایی در زمان میبرد، چون شاهزاده بنا بر اقتضای داستان دائماً بین زمان گذشته و حال جزیره در حال جابجایی است و باید بسیاری از قسمتهای بازی را در دو دورهی زمانی مختلف پشت سر بگذارد.