دو ماه بعد از پایان نسخه اول آغاز می‌شود؛ جایی که بسیاری از مردم منطقه راکون سیتی به ویروس T، ساخته کمپانی آمبرلا آلوده شده و تبدیل به زامبی شده‌اند. لیان اس کندی افسر پلیس جوانی است که بر حسب وظیفه برای ملحق شدن به نیروی پلیس راکون سیتی به این شهر می‌آید؛ البته لیان قرار بود زودتر به این شهر برسد اما بروز اتفاقاتی شخصی این کار را به‌تعویق انداخته است.
همچنین پیش از حرکت لیان به سمت راکون سیتی، تماسی مرموز با وی گرفته می‌شود و او را از این کار منع می‌کند که خب لیان توجهی به آن ندارد و به راکون سیتی می‌رسد.
جدا از داستان، عناصر دیگری هم در نسخه بازسازی‌شده دیده می‌شوند که کاملا برگرفته از مکانیزم‌های نسخه اصلی هستند.
برای مثال یکی از جنبه‌های مهم بازیهای رزیدنت ایول پازل‌های آن‌ها است و مکانیزم حل این پازل‌ها در نسخه بازسازی‌شده درست مثل نسخه اصلی خواهد بود؛
به این صورت که مثلا برای باز کردن یک در، باید اداره پلیس راکون سیتی را زیر و رو و کلید مربوطه را پیدا کنید یا در مثالی دیگر مجوز عبور شما از یک راه خاص، فقط با پیدا کردن چند نماد و قرار دادن آن‌ها در جای مخصوص‌شان صادر خواهد شد.
